ФГУП «ВНИИ «Центр» создан в 1966 году приказом Министра судостроительной промышленности в соответствии с Постановлением ЦК КПСС и СМ СССР «Об улучшении работы по созданию и внедрению в народное хозяйство средств вычислительной техники и автоматизированных систем управления», как Главный вычислительный Центр Министерства судостроительной промышленности (ГВЦ МСП).

Становление ГВЦ Минсудпрома СССР проходило в период подъема отечественного судостроения, что потребовало от коллектива слаженной работы по формированию графиков строительства важнейших заказов, планов поставок комплектующего оборудования и материалов, обеспечению контроля за продвижением технической готовности строящихся кораблей и судов.